La Marca de Garantía cuenta con un registro de todos los operadores implicados: explotaciones ganaderas acogidas, mataderos calificados y puntos de venta autorizados al objeto de garantizar el origen y forma de obtención del producto.
Dentro del Reglamento de Uso de la Marca de Garantía “Ternera de Aliste”, en su anexo A, está descrito el plan de autocontrol y el proceso de certificación del producto. Consiste en lo siguiente:

Plan de autocontrol, toma de muestras y análisis de residuos: se lleva a cabo en las diferentes fases:

- En explotación: los animales son dados de alta dentro de la Marca antes de cumplir el mes de edad y durante su vida productiva son sometidos a diferentes controles para asegurar su forma de producción y alimentación. Por parte del personal técnico de la Marca se hace una toma de muestras de orina, pelo, pienso y agua. Estas muestras son mandadas a un laboratorio independiente, que cumpla la norma UNE EN ISO /IEC 17025, quien realiza análisis de sustancias prohibidas (beta-agonistas, hormonas, corticosteroides, tireostáticos y antibióticos) para comprobar la ausencia de dichas sustancias.
- En matadero: por parte del personal técnico de la Marca se hace una toma de muestras de hígado, riñón y tiroides; las muestras son mandadas a laboratorios independientes para hacer los análisis correspondientes de sustancias prohibidas.
- En punto de venta: se controla el etiquetado correcto de cada una de las piezas.

Los porcentajes de análisis de residuos marcados en el plan de autocontrol son los siguientes:

Sobre los animales:

En explotación:

25% Beta-agonistas.
10% Corticosteroides.
15% Hormonas.


En matadero:

10% Beta-agonistas.
20% Antibióticos.
10% Tireostáticos.
10% Hormonas .

Sobre el pienso y el agua:

15% Composición cualitativa.
85% Análisis de residuos, de los que:

50% Beta-agonistas.
15% Corticoides.
20% Hormonas.

Proceso de certificación: todo el sistema de operar de la Marca es auditado una vez al año por una entidad de certificación, organismo externo e independiente, inscrita en el Registro de Entidades de Certificación de Productos Agroalimentarios de Castilla y León. Cada canal se acompaña del correspondiente certificado de producto. En esquema el proceso de certificación para poder obtener dicho certificado de producto es el siguiente: